Ο σεβασμός στο περιβάλλον είναι εγγενής συστατικό της βιολογικής γεωργίας. Η βιολογική γεωργία αποτελεί μια μέθοδο παραγωγής που συνδυάζει τις βέλτιστες περιβαλλοντικές πρακτικές, υψηλό επίπεδο βιοποικιλότητας και διατήρησης των φυσικών πηγών. Οι βιοκαλλιεργητές στην Ευρωπαϊκή Ένωση είναι υποχρεωμένοι να σέβονται τα συστήματα και τους κύκλους της φύσης, διασφαλίζονται την υγεία των εδαφών, του νερού, των φυτών και των ζώων και συμβάλλοντας στα υψηλά επίπεδα της βιοποικιλότητας. Οι βιοκαλλιεργητές κάνουν επίσης υπεύθυνη χρήση της ενέργειας και των φυσικών πόρων όπως το νερό, το έδαφος, τις οργανικές ύλες και τον αέρα.
Έδαφος
Το έδαφος αποτελεί αναμφισβήτητα την πιο σημαντική και συνάμα τον πιο παραμελημένο φυσικό πόρο. Είναι σημαντικό για την ζωή στον πλανήτη επειδή παρέχει με την σειρά του τροφή και οξυγόνο στους ανθρώπους και τα ζώα. Οι βιοκαλλιεργητές σέβονται την αξία και την σημασία του εδάφους παρακολουθώντας προσεκτικά τι προσθέτουν και τι αποκτούν από αυτό και πως οι δραστηριότητες τους επιδρούν στην σύνθεση και της ευφορία του. Δεν επιζητούν απλώς να διατηρήσουν το έδαφος σε μια υγιή, εύφορη και φυσική κατάσταση – προσπαθούν επίσης να ενισχύσουν την κατάσταση του μέσα από την παροχή των κατάλληλων θρεπτικών στοιχείων και βελτιώσεων στην σύσταση του εδάφους και της αποτελεσματικής διαχείρισης των υδάτων.
Βιοποικιλότητα
Είναι γενική αρχή της βιολογικής γεωργίας ότι κάθε ζωντανός οργανισμός θα πρέπει να εκτιμάται ιδιαίτερα: από τον μικρότερο μικρο-οργανισμό που ζει στο έδαφος στον μεγαλύτερο δέντρο που ευδοκιμεί από πάνω του. Για το λόγο αυτό, κάθε δεσμός της εφοδιαστικής αλυσίδας βιολογικών τροφίμων, είναι προσανατολισμένος στην διατήρηση και όπου είναι δυνατόν, στην βελτίωση της ποικιλότητας των φυτών και των ζώων. Οι πρακτικές που συμβάλλουν στα υψηλά επίπεδα βιοποικιλότητας είναι συχνά αποτέλεσμα τόσο των καλών καλλιεργητικών πρακτικών όσο και του Κανονισμού της ΕΕ για την βιολογική γεωργία.
Νερό
Οι βιοκαλλιεργητές συνήθως θεωρούν το νερό όχι μόνο ως εισροή στον καλλιεργητικό κύκλο αλλά και ως ζωτική πηγή για την ενδυνάμωση της ζωής στη γη που πρέπει να προστατεύεται και να ενισχύεται με επιστάμενη διαχείριση. Είναι πραγματικότητα ότι γενικά οι γεωργοί δεν χρησιμοποιούν το νερό άσκοπο γιατί γνωρίζουν πόσο ζωτική είναι η προσεκτική του χρήση για την επιτυχημένη ανάπτυξη των φυτών και των ζώων. Και καθώς η χρήση νερού δεν καλύπτεται εκτεταμένα από τους Κανονισμούς της ΕΕ, οι μέθοδοι βιολογικής παραγωγής συμβάλλουν στην διατήρηση των υδάτινων πόρων και της υψηλής ποιότητας των εν λόγω υδάτινων πηγών.
Περιβάλλον
Οι βιοκαλλιεργητές μπορούν να δουν τα αποτελέσματα της σκληρής δουλειάς τους, όχι μόνο στην ικανοποίηση αυτών που καταναλώνουν τα προϊόντα τους, αλλά επίσης στα λιβάδια, τα ρέματα, τα δέντρα και τους λόφους που τους περιβάλλουν. Αν και ο Κανονισμός της ΕΕ για την βιολογική γεωργία δεν συγκεκριμενοποιεί ποιες πρακτικές θα πρέπει να χρησιμοποιούνται για την συμβολή στην διαχείριση και προστασία του φυσικού περιβάλλοντος, άλλοι κανόνες και εθελοντικές πρακτικές που ακολουθούν οι γεωργοί μπορούν να έχουν θετική επίδραση για συνεχή δράση.
Κάθε αγροτική ασχολία, ανεξαρτήτως, περιλαμβάνει την μετατροπή του φυσικού περιβάλλοντος, όμως η βιολογική γεωργία, προσπαθεί να μειώσει αυτή την επίδραση όσο περισσότερο γίνεται, έτσι ώστε τα βιολογικά αγροκτήματα με σεβασμό να δένουν ουσιαστικά με το περιβάλλον.